纽约市最长的河流是哈德逊河，从阿迪朗达克山脉延伸到纽约湾，距离为306英里（492公里），正如其在纽约市河流地图中提到的那样。莫霍克河在奥尔巴尼北部流入哈德逊河。纽约市中部和西部的主要河流--黑河、吉尼西河和奥斯威戈河--都流入安大略湖。界定州界的河流有北部的圣劳伦斯河、东部的波尔特尼河、东南的特拉华河和西部的尼亚加拉河。沿着尼亚加拉河，尼亚加拉大瀑布形成纽约市最壮观的自然特征。瀑布的平均流量估计超过每秒1,585,000加仑(60,000百升)，既是一个主要的旅游景点，也是水力发电的主要来源。

 

纽约市的哈德逊河和东河、斯普伊滕-杜伊维尔溪和亚瑟-基尔，实际上是大西洋的河口，哈德逊河向北到特洛伊都是潮汐。在纽约市河流地图上可以看到，纽约市约600英里(1000公里)的海岸线被锁定在与海洋的不断搏斗中，因为海洋侵蚀着土地，并在其他地方增加新的沉积物。虽然港口不断被疏浚，但船道不断被河道淤泥填满，对于更现代的深海船只来说，太浅了。